Saat melakukan penggerebekan terhadap sebuah pertemuan dengan seorang perwakilan asing yang ia curigai terkait dengan korupsi dan kegiatan kriminal, Daisuke Aramaki dari Keamanan Publik bertemu dengan seorang cyborg misterius. Cyborg tersebut memperkenalkan diri sebagai Motoko Kusanagi dan mengusulkan pembentukan unit pasukan khusus baru kepada Menteri Dalam Negeri. Sebagai langkah awal, Aramaki meminta Kusanagi untuk menyelidiki suatu hal.


